国家行政学院科研部主任许耀桐：
中央已经意识到大部门体制是发展趋势，明确将其作为行政管理体制改革的着力点，下一步改革要追求制度性进展。
关键还是职能要理顺。顶层应加强总体设计，科学决策、多方参与、反复探索，同时确定原则方针和具体方案步骤。可鼓励地方先行，尤其协调好省市县联动，避免层级之间因对接不妥而平添改革阻力。
中国(海南)改革发展研究院院长迟福林：
中央缺少体制机制的改革综合方案，就难以落实大部门制的理念和目标。需要加强顶层设计，以突破部门利益这一改革的最大阻碍，不能完全寄希望于地方改革的“倒逼”。
其一，加强决策部门的决策主体地位，比如宏观调控部门应将注意力放到中长期规划和国民经济平衡发展上来，包括对“十二五”规划各子项目的刚性约束，而非介入到价格监管等具体经济运行中。又比如计生委，也应当将精力从具体的人口计生系统建设上，转移到国家人口战略规划等重要决策当中。
其二，建立真正独立、高效的行政运行系统。比如民航局，职责就是保证空中运输系统的安全和高效。又比如大学经费的分配，可交给专业机构，教育部只负责宏观政策的制定。
其三，建立独立有效的监管系统。比如成立教育监管委员会，不隶属于教育部，能够对教育发展状况作出客观评判。
中央民族大学法治政府与地方制度研究中心主任熊文钊：
首先，大部门制改革应坚定不移地推进试点范围。政府机构设置要本着通盘规划原则，充分考虑管理要素、行政任务和实际需要，按照内政、外交、司法、发展规划、财政金融、社会保障、科技与教育、文化与体育、国土资源、能源、交通、建设等要素设置部门。
其次，大部门制改革要把破除部门利益、裁撤冗余议事协调机构、减少行政副职等问题统筹推进，必须放在重塑政府权力结构的大目标下进行衡量，必须与机构分权、组织分权、地方分权相结合，也需要同事业单位改革同步推进，按照政企分开、政事分开、政府与社会中介组织分开的原则进行。
再次，大部门制改革要回应我国政治建设、经济建设、社会建设、文化建设和生态文明建设的深层次需要。大部门制不是孤立的、单纯的裁撤机构、精简人员和整合职能，而是根源于中国市场经济改革、民主政治发展以及社会转型的客观要求，最终落实于以人为本和科学发展的施政理念。
中央党校研究室副主任周天勇：
目前大部门制改革没有到位，降低行政成本和提高行政效率的成效不明显，一些部门通过各种规定、文件反而加强了自身权力，对上表现为中央大政方针落实不下去，对下表现为权力过度集中。
决策、执行、监督的制度设计应将党政人大司法都包囊在内，有许多决策仍应由人大作出；在此之后，才是理顺行政内部关系。此外，一些地方探索的党政一体模式值得借鉴。
如果政府机构改革要防止机构和人员的扩张冲动，可考虑通过两条红线来控制：一为规定政府全年收入不得超过GDP的30%(现在是35%左右)；二为规定政府全年支出(党政公务以及行政性事业)不得超过GDP的20%(现在接近40%)。此为釜底抽薪之举。
中国社科院法学所宪法行政法研究室主任周汉华：
以分散化的治理结构，构筑有效的执行体制。以此为前提的大部门制改革，才有意义。
机构改革的基础是法治。从国外大部门制经验来看，部门设置在哪里有时候并不重要，重要的是这个部门的执行、监管要严格遵循法律，只对法律负责。因此必须推进法治，培育法治文化。
此外还要提及改革的动力问题。改革不能总由危机驱动，不能总等到迫不得已时才肯动手——那个时候空间已经不多了。现在来看，改革动力应当更多地来自老百姓，来自一个心系家国大事的市民社会。
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